ten główna różnica między egzomem a transkryptomem jest to, że egzom to kompletna sekwencja wszystkich eksonów w genach kodujących białka w genomie, podczas gdy transkryptom to zbiór cząsteczek informacyjnego RNA pochodzących z genów kodujących białka. Ponadto egzom obejmuje 1-2% całkowitej sekwencji genomu, podczas gdy transkryptom stanowi mniej niż 4% całkowitego RNA komórki.

Egzom i transkryptom to dwa zbiory sekwencji w genach kodujących białka w genomie. Oba mają różne zastosowania w badaniach genomicznych, a także w diagnostyce chorób.

Kluczowe obszary objęte

1. Czym jest egzom? – Definicja, fakty, techniki 2. Co to jest transkryptom? – Definicja, fakty, techniki 3. Jakie są podobieństwa między egzomem a transkryptomem? – Zarys wspólnych cech 4. Jaka jest różnica między egzomem a transkryptomem? – Porównanie kluczowych różnic

Kluczowe terminy

Ekson, egzom, mRNA, geny kodujące białka, transkryptom

Co to jest egzom?

Egzom to zbiór eksonów w genach kodujących białka genomu danego organizmu. Sekwencja kodująca genomu jest zgrupowana w geny, które mogą być kodowane pod kątem białek lub RNA. W genomie prokariotycznym sekwencja kodująca nie jest przerywana przez inne sekwencje, podczas gdy w genomie eukariotycznym sekwencja kodująca genu jest przerywana przez niekodujące sekwencje zwane intronami. Stąd sekwencje kodujące w klastrach nazywane są eksonami.

Rysunek 1: Egzony i introny

W genach kodujących białka polimeraza RNA dokonuje transkrypcji intronów oraz eksonów do prekursorowego mRNA podczas transkrypcji. Wbudowane introny są usuwane podczas następujących modyfikacji potranskrypcyjnych. Główną technologią stosowaną w badaniu egzomu jest sekwencjonowanie całego egzomu (WES). WES bierze udział w hybrydyzacji pofragmentowanego DNA określonego genomu w celu zidentyfikowania docelowych sekwencji DNA, po których następuje sekwencjonowanie.

Co to jest transkryptom?

Transkryptom to całkowity zestaw mRNA ulegających ekspresji w komórce. Stanowi mniej niż 4% całkowitego RNA komórki. Ponieważ transkryptom określa skład proteomu, określa on zdolność biochemiczną tej konkretnej komórki. Ponadto transkryptom konkretnej komórki nie może zostać zsyntetyzowany i zawsze dociera do komórki potomnej z komórki macierzystej podczas podziału komórki. Zatem transkrypcja, która jest procesem wytwarzania RNA, jest etapem utrzymania transkryptomu.

Rysunek 2: Transkryptom komórki pluripotencjalnej

Z drugiej strony, chociaż każda komórka zawiera informacje potrzebne do produkcji całego transkryptomu gatunku, ekspresja genów w komórce zależy również od czynników środowiskowych. Dwie główne technologie stosowane w badaniu transkryptomów to mikromacierz i sekwencja RNA.

Podobieństwa między egzomem a transkryptomem

Różnica między egzomem a transkryptomem

Definicja

Egzom odnosi się do części genomu składającej się z eksonów, które kodują informacje do syntezy białek, podczas gdy transkryptom odnosi się do sumy wszystkich cząsteczek informacyjnego RNA wyrażonych w genach organizmu. Główna różnica między egzomem a transkryptomem jest więc oczywista z tej definicji.

Znaczenie

Stąd egzom jest całkowitym zestawem eksonów w genach kodujących białka, podczas gdy transkryptom jest całkowitym zestawem mRNA wyrażanych w komórce.

DNA lub RNA

Ponadto egzom składa się z DNA, podczas gdy transkryptom składa się z RNA.

Ilość

Egzom stanowi 1-2% całego genomu, podczas gdy transkryptom stanowi mniej niż 4% całkowitego RNA komórki.

Poziom

Inną różnicą między egzomem a transkryptomem jest to, że egzom znajduje się na poziomie genomu, podczas gdy transkryptom znajduje się na poziomie transkrypcji.

Techniki

Ponadto sekwencjonowanie całego egzomu jest techniką określania egzomu, podczas gdy mikromacierz i sekwencja RNA określają transkryptom.

Wniosek

Egzom to cały zestaw egzonów w genomie określony przez WES genomu. Stąd egzom jest koncepcją opartą na DNA. Ale transkryptom jest koncepcją opartą na RNA, ponieważ jest to cały zestaw mRNA komórki. Główną różnicą między egzomem a transkryptomem jest ich koncepcja.

Referencja:

1. Warr, Amanda i in. „Sekwencjonowanie egzomów: obecne i przyszłe perspektywy”. G3: Geny|Genomy|Genetyka 5.8 (2015): 1543–1550. PKW. Sieć. 6 września 2018. Dostępne tutaj2. Brązowy TA. Genomy. Wydanie II. Oksford: Wiley-Liss; 2002. Rozdział 3, Transkryptomy i proteomy. Dostępny tutaj

Zdjęcie dzięki uprzejmości:

1. „Introny egzonów DNA” National Human Genome Research Institute – (domena publiczna) przez Commons Wikimedia 2. „Transkryptom komórek pluripotencjalnych” Autor: Grskovic, M. i Ramalho-Santos, M., Transkryptom pluripotencjalny (10 października, 2008), StemBook, wyd. Wspólnota Badań nad Komórkami Macierzystymi, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. – [1] DirectStemBook Rycina 2 Transkryptom komórek pluripotencjalnych. Grskovic, M. i Ramalho-Santos, M., Transkryptom pluripotencjalny (10 października 2008), StemBook, wyd. Wspólnota Badań nad Komórkami Macierzystymi, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) przez Commons Wikimedia